La Comisión de Integración Eléctrica Regional se creó el 10 de julio de 1964 basada en una propuesta aprobada durante el Primer Congreso de Integración Eléctrica Regional, llevado a cabo en Montevideo por iniciativa de las autoridades del sector eléctrico uruguayo, misma que recibió el apoyo de las empresas eléctricas sudamericanas y con ello se despertó una creciente necesidad de colaboración entre ellas;  el objetivo principal de este organismo sin fin de lucro, es promover y alentar la integración de los sectores eléctricos regionales, para lo cual era imprescindible instituir los comités nacionales en América del Sur, siendo así que en la ciudad de Caracas – Venezuela, un 25 de noviembre de 1969, se cristalizó la creación de ECUACIER, que en sus inicios funcionaba bajo la estructura del INECEL (Instituto Ecuatoriano de Electrificación), Institución en la que se enmarcaba el quehacer eléctrico del Ecuador.

El Ministerio de Energía y Minas mediante los acuerdos ministeriales números 10293 y 12527 del 30 de agosto de 1971 y 12 de mayo de 1975, publicado este último en el Registro oficial No. 804, del 16 de mayo de 1975, en su orden, constituyó el Comité Nacional de Integración Eléctrica del Ecuador ECUACIER, y le confirió la representación oficial del país ante la Comisión de Integración Eléctrica Regional (CIER).

Sin embargo, debido a la corriente de replantear la participación del Estado y en busca de incentivar el desarrollo de un mercado de competencia y la inversión por parte del sector privado, se promulga la Ley del Régimen del Sector Eléctrico, cuyo literal a) de la Primera Disposición Transitoria, publicada en el Suplemento Oficial No.43 del 10 de octubre de 1996, determina que INECEL tendrá vigencia hasta septiembre de 1998; en tal virtud el 22 de junio de 1998, con la presencia de los representantes legales de las empresas eléctricas, de los organismos de control y administración del país y del Secretario Ejecutivo de ECUACIER, se resuelve la constitución de un organismo, con personería jurídica, que tenga por objeto promover y favorecer la integración eléctrica entre las personas naturales y jurídicas vinculadas con el sector eléctrico del país y del exterior, bajo el amparo de las leyes ecuatorianas; así también este mismo día los Gerentes Generales de las empresas eléctricas que se conformaron en la nueva estructura, decidieron asumir la conducción y financiamiento del ECUACIER a partir del 1 de octubre de 1998, y que su sede será Quito, capital de la República del Ecuador.

Mediante Acuerdo Ministerial Nº 146 de 5 de agosto de 1998, el Ministerio de Energía y Minas, ratificó la constitución del Comité Nacional de Integración Eléctrica del Ecuador ECUACIER.

Así también es menester señalar que la CIER cuyas siglas significaban Comisión de Integración Eléctrica Regional, con miras a promover y ampliar su campo de acción a fin de fortalecer la integración, cambió su definición a Comisión de Integración Energética Regional, misma que fue aprobada por el XXXVII Comité Central de CIER y reconocido por el Poder Ejecutivo del Gobierno de la República Oriental del Uruguay con Decreto 329/001 el 16 de agosto del 2001; antecedente por el cual en la reforma del estatuto de ECUACIER, aprobado el 19 de julio de 2005, se reconocen sus siglas como Comité Ecuatoriano de la Comisión de Integración Energética Regional – ECUACIER.

Posteriormente el señor Presidente Constitucional de la República del Ecuador escindió el Ministerio de Energía y Minas en los Ministerios, de Electricidad y Energía Renovable y de Minas y Petróleos, según Decreto Ejecutivo Nº 475 de 9 de julio de 2007, publicado en el Registro Oficial Nº 132 del 23 de julio de 2007, por lo expuesto, ECUACIER efectúa el registro de los miembros del Directorio en la Subsecretaría Jurídica del Ministerio de Electricidad y Energía Renovable, en cumplimiento a lo dispuesto en el artículo 9 del Decreto Ejecutivo Nº 3054.

Actualmente ECUACIER es una asociación de naturaleza civil, de derecho privado conocido como Organismo No Gubernamental (ONG) sin fines de lucro y mantiene como misión “Vincular a las empresas y organismos del sector eléctrico ecuatoriano, con los organismos y entidades que conforman la Comisión de Integración Energética Regional (CIER)”.