El ECUACIER, está constituido por los siguientes órganos de funcionalidad:

Comité Nacional

Es el órgano de gobierno y autoridad máxima del ECUACIER y está constituido por los representantes principales de los socios, legalmente designados para el efecto. El representante principal deberá ser la máxima autoridad directiva o ejecutiva de cada empresa u organismo socio. Los integrantes del Comité cada dos años eligen el Directorio de ECUACIER.

Directorio

Principalmente se encarga de ejecutar las resoluciones adoptadas por el Comité Nacional, cumplir y hacer cumplir el estatuto de los reglamentos que se dictaren; así como ejercer la administración y dictar la normativa que regule el funcionamiento interno para el cumplimiento de los objetivos que persigue el ECUACIER. 

El Directorio dirigido y administrado por: Presidente, Vicepresidente y cinco miembros principales e igual número de alternos, en representación de:

• El Consejo Nacional de Electricidad;
• El Centro Nacional de Control de la Energía;
• Las empresas eléctricas concesionarias de Generación;
• La empresa eléctrica concesionaria de Transmisión; y,
• Las empresas eléctricas concesionarias de Distribución y Comercialización.

Director Ejecutivo

El Director Ejecutivo principalmente se encarga de coordinar las actividades institucionales del ECUACIER con las Entidades Miembros Asociados, con la CIER  y otras organizaciones afines, y las de las áreas de negocios; así como de la administración de las actividades del personal administrativo que labora en el comité.